Los Estatutos del CAT, publicados en el Diario Oficial de la Generalitat de Catalunya, establecen la forma de gobierno del Consorcio y, en este sentido, delimitan las competencias de la Asamblea General, el Consejo de Administración y el presidente de la institución.
La Asamblea General se reúne como mínimo dos veces al año. Tiene entre otras atribuciones la aprobación del presupuesto anual del Consorcio, que supone la tarifa que aplicará el CAT por el servicio, los planes de obras y las cuentas anuales. Está formada por un representante de cada una de las industrias y ayuntamientos consorciados, y nueve representantes de la Generalitat, de los cuales dos son propuestos por comunidades de regantes de los márgenes izquierdo y derecho del río Ebro.
Las competencias ejecutivas del Consorcio recaen en el Consejo de Administración. Este organismo está formado por dos representantes de la Generalitat, dos de las Comunidades de Regantes, dos de las industrias y dos de los municipios: el que tiene más consumo de agua y otro elegido entre el resto de ayuntamientos. Este órgano toma decisiones sobre el día a día de la gestión del Consorcio, la organización y la contratación de obras y servicios.
El presidente, por su parte, es nombrado por el consejero de la Generalitat del ramo entre todos los miembros de la Asamblea. Entre otras funciones, preside la Asamblea, hace cumplir los acuerdos tomados y representa judicial y administrativamente el Consorcio.